Τα ζευγάρια που προέκυψαν από την κλήρωση για την Β΄ φάση του κυπέλλου περιόδου 2016-2017 είναι τα εξής:
ΠΑΣ Πρέβεζα-Ίωνες Λευκάδας
Κεραυνός Θεσπρωτικού-Πανλευκάδιος
Απόλλων Πάργας-ΑΟ Αγίου Πέτρου
Απόλλων Βουβοποτάμου-Αυγερινός Μαραντοχωρίου
ΑΟ Μύτικα-ΑΟ Πλαγιάς
Αναγέννηση Αχερουσίας-ΠΑΣ Αχέρων Καναλακίου
ΠΕΑΣ Κατούνας-Αναγέννηση Τσουκαλάδων
ΑΟ Καρυάς-ΑΟ Παλαίρου
